光伏发电系统在遭受冰雹等自然灾害时，一般由保险公司来承担赔偿责任。光伏发电系统的保险通常包括财产一切险、商业综合责任险、工程延误保险等。
其中，财产一切险是针对光伏发电系统本身的保险，主要保障光伏发电系统因自然灾害、意外事故等原因导致的直接损失，例如设备损坏、组件破损等。商业综合责任险是针对光伏发电系统运营过程中可能出现的责任风险，例如人身伤害、财产损失等。工程延误保险则是针对光伏发电系统建设或运营期间因不可抗力等因素导致的工程延误或停工损失。
当光伏发电系统遭受自然灾害时，保险公司会根据保险合同的约定，对光伏发电系统遭受的损失进行赔偿。但需要注意的是，保险公司的赔偿范围和赔偿金额可能会受到保险合同条款的限制，因此在购买保险时需要仔细了解保险条款，选择合适的保险方案。